Năm 2040, tình trạng ô nhiễm liên tục và hàng loạt trận động đất bí ẩn đã khiến thành phố Tokyo bị hủy hoại. Một thanh niên tên Ken Ando đang được đào tạo để trở thành thành viên của DC, một tổ chức bán quân sự được thiết kế để điều tra và bảo vệ môi trường sụp đổ.
Trong khi đang cố tránh khỏi sự phát hiện của bọn robot chiến tranh trong một thành phố chết, nhân vật nam chính, một junker, đã vào một tòa nhà có mái vòm trên tầng thượng và tìm những món đồ phế thải vẫn còn sử dụng được
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Đây là seri đầu tiên mở ra kỉ nguyên mới của vũ trụ (trong anime): Cosmic Era (CE). Đây là thời đại mà con người đã tạo ra được một thế hệ người biến gien - Coordinator. Họ mang trong mình những tố chất tuyệt vời mà con người mong muốn hằng bao thế kỉ: trí óc thông minh hơn, thể chất khỏe mạnh hơn... Nhờ đó, rất nhiều Coordinator đã dành được những vị trí danh giá trong xã hội, được nhiều người vị nể, kính trọng. Thế nhưng, đố kị lại là bản tính của con người. Những con người bình thường (được
kể về Mizuki Natsumi lớp 4 cùng cô con gái Mirai (bằng 1 cách nào đó con của cô ấy sau 15 năm đi du hành ngược thời gian). Giờ cùng xem cách chăm con và sống cùng bà dì Izumi.