Grisaia: Phantom Trigger là sequel của bộ anime 3 phần Grisaia, kể về một nhóm nhân vật chính hoàn toàn mới. Câu chuyện theo chân các nữ sinh tại học viện Mihama. Học viện hiện đang được điều hành bởi tổ chức chống khủng bố CIRS và đã trở thành một trường học đào tạo một thế hệ chống tội phạm mới.
Zack Connors và Rachel Meadows có khả năng điều khiền bằng đôi mắt đáng kinh ngạc. Khi họ nhận ra tài năng siêu việt của mình thì cũng là lúc họ bị bắt và trở thành tù nhân của tiến sĩ Michael Slovak.Họ bị giam giữ riêng trong một viện chuyên khoa do tiến sĩ Slovak điều hành.
nói về Shim Eun Joo (Ryu Hye Young), một người phụ nữ tự chủ. Cô đang cố gắng xây dựng lại cuộc sống của mình sau khi chiến thắng một dự án lớn với tư cách là một nhà thiết kế biên tập và tự mình đấu tranh đi lên khẳng định bản thân.
về một cô gái bị bạn trai đá và đang cố gắng có được trái tim của anh ta lần nữa bằng cách khiến anh ta ghen tuông. Hợp tác cùng với người bạn nam thân thiết của mình, cô nàng bắt đầu "sống ảo" trên mạng xã hội, thể hiện tình yêu với bạn trai mới để chọc tức bạn trai cũ. Liệu tình yêu có thể nảy nở giữa hai người bạn thân từ thuở nhỏ này hay không?
Ruka và Rumi Kobayakawa là hai chị em sinh đôi yêu cùng một người đàn ông, học sinh lớp trên thể thao Katsuyuki Touma.