The year is 21XX. Reploids are commonplace now, after Dr. Cain rediscovered Dr. Lights old lab and based several designs off of Dr.Lights original, called "Megaman X." X, meanwhile, has joined the Maverick Hunters, and works with unit leader Zero under the command of General Sigma. It is their job to terminate rogue reploids, those who have become violent.
Hậu quả của Chấn Động Thứ Tư, bị mắc kẹt mà không có Evangelion của mình, Shinji, Asuka và Rei tìm nơi trú ẩn tại một trong những ngôi làng hiếm hoi vẫn còn tồn tại trên Trái Đất đổ nát. Ở đó, họ sống một cuộc sống khác xa so với những ngày là một phi công Evangelion. Tuy nhiên, mối nguy hiểm đối với thế giới còn lâu mới kết thúc.
Năm 2077, thế giới hiện đại với các công cụ, máy móc hoạt động tinh xảo nhưng lại tiềm tàng một mối đe dọa to lớn với loài người khi Nhật Bản cho phát triển công nghệ người máy sinh học. Đó là điều mà Liên Hợp Quốc cấm. Một nhóm đặc nhiệm tức tốc được cử đến Nhật Bản, thâm nhập điều tra sự việc và họ đã bất ngờ khám phá ra rằng, Nhật Bản giờ chỉ là 1 hòn đảo đầy hoang mạc.
Rebuild of Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance, Evangelion 2.22. In the earliest battles against the monstrous Angels, young Eva pilots Shinji and Rei were forced to carry humanitys hopes on their shoulders.
English: The Girl Who Leapt Through Time. Synonyms: Toki wo Kakeru Shojo, TokiKake, Toki o Kakeru Shojo, The Girl Who Cut Time, The Little Girl Who Conquered Time. Japanese: 時をかける少女