Trong thời đại mà Samurai thống trị Nhật Bản… Shinsengumi đã bị xóa sổ bởi một kẻ tấn công vô danh, chỉ duy nhất một người còn sống sót sau trận chiến. Để bảo vệ an ninh của Kyoto, một chiến dịch thay thế tuyệt mật được thực hiện.
Nằm phía bên dưới thủ đô Toyko, có tồn tại một thế giới vô cùng rộng lớn và chưa ai từng biết, được gọi là Thế Giới Ngầm. Ở đó mọi người đều sở hữu một sức mạnh điều khiển nguyên tố, là những người có khả năng kiểm soát được các nguyên tố : Lửa, nước, sét, từ tính, băng v.v.
300 năm sau khi kết thúc chiến tranh ở Calamity.Những quyền năng cai trị Sphere Trái đất đã bị lật đổ, nhường chỗ cho những người cai trị mới của một thế giới mới sau trận chiến.
Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.
Vào năm 1999, một tàu không gian rơi tại phía nam đảo Ataria đã làm cho nhận loại nận ra mình không đơn độc trong vũ trụ. Mười năm sau con tàu được khôi phục với tên gọi SDF-1 Macross. Tuy nhiên vào ngày cất cánh đầu tiên của con tàu, một chủng tộc ngoài hành tình được gọi là Zentradi chủ nhân của con tàu đã xuất hiện. Chiên tranh vũ trụ lần đầu tiền xảy ra đã làm thay đổi vận mệnh của hai chủng tộc mãi mãi.