Một công ty chế tạo người máy hợp tác với một điệp viên CIA tham nhũng đang tiến hành một hoạt động quân sự bất hợp pháp, không có quản lý. Thả bốn người máy nguyên mẫu vào một trại nghi chế tạo ma túy ở Tam giác vàng mà không ai bỏ sót.
Thế giới trong tương lai, khi mà 4% dân số sở hữu siêu năng lực nhưng 60% tai nạn lại do đối tượng này gây ra. Vì vậy, những người sở hữu siêu năng lực bị ruồng bỏ trong một xã hội mà công nghệ phát triển ở mức cao nhất. Các đối tượng này bị nhóm vào một cộng đồng thất nghiệp và họ sử dụng siêu năng lực như một phương thức mưu sinh.
Năm 2073, Tòa Án Quân Sự cử một cựu chiến binh Jack Harper (Tom Cruise) trở lại Trái Đất, nhận nhiệm vụ sửa chữa máy bay không người lái. Trái Đất lúc bấy giờ gần như đã bị hủy hoại hoàn toàn bởi một cuộc xâm lược của người ngoài hành tinh từ 60 năm trước. Và rồi tính mạng của Jack trở nên nguy hiểm khi anh vô tình cứu được một cô gái trong một tai nạn tàu vũ trụ.
Peter Parker khi này mới chỉ là một cậu học sinh trung học và nhận được sự giúp đỡ từ tỷ phú Tony Stark (Người Sắt). Mối quan hệ giữa Spider-Man và Iron Man hé mở từ Civil War và tiếp tục phát triển trong bộ phim này.
Một cây đậu khổng lồ từ dưới lòng đất bay lên không trung đã kéo theo cậu thanh niên Jack. Khi các sinh vật khổng lồ thực hiện theo cách của mình xuống đất, Jack phải tìm ra cách để trở xuống trước khi chúng phá hủy trái đất.