Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.
Học viện Pháp thuật Arnold là trường học dành cho giới thượng lưu... và Ray White chỉ là một chàng trai bình thường, nhà nghèo. Trên thực tế, anh dường như không quá thành thạo với ma thuật và có một chút hậu đậu.
cuộc sống của anh chàng Hideki Motosuwa, một anh chàng trượt đại học và đang học luyện thi tại Seki ở Tokyo. Vốn là một chàng trai thật thà và khiêm tốn lớn lên ở nông trang, anh có rất ít kinh nghiệm với phụ nữ. Bên cạnh một người bạn gái thì điều mà anh ta mong muốn đã lâu chính là có được một persocom. Persocom là từ chỉ chung những người máy mang hình dáng con người được sử dụng như thông thường như một loại máy tính cá nhân.
Một ngày nọ, Thần Vận Mệnh của Trái đất và Thần Lãnh Đạo của Galdardia đã đặt cược. Thần Vận Mệnh đã thua và chọn mười linh hồn tầm thường để trao đổi. Đối với mười linh hồn đó, Thần Lãnh Đạo của Galdardia đã trao cho họ những vị thể mới.
Ba chị em Hozuki, Kazuki, và Hazuki là dòng dõi của Galileo và sở hữu các tính cách khác biệt, nhưng họ chưa bao giờ thân nhau. Vào một ngày nọ, họ bị bắt cóc bởi một tổ chức bí ẩn. Tổ chức này đang tìm "Galileo Tesoro" mà Galileo Galilei khám phá được. Chẳng hiểu chuyện gì đang diễn ra, 3 người họ tẩu thoát trên chiếc phi thuyền người em út làm. Dù xem nhau như người xa lạ nhưng giờ đây họ phải giúp đỡ lẫn nhau. Mục đích của tổ chức theo đuổi? Tesoro là gì? Và cả mối quan hệ của 3 chị em sẽ ra