2 năm đã trôi qua trên trên hòn đảo Hatsune yên bình. 1 buổi chiều tối, 1 cô gái bí ẩn xuất hiện và ngã gục trước mặt Asakura Junichi, cô đang tìm kiếm bà Sakura, người đã khuất. Vì cô ko còn nơi để đi, nên Junichi quyết định giữ cô ở lại.
Là TV Series đầu tiên sau hơn 25 năm kể từ bản gốc. Câu chuyện xoay quanh cuộc Thánh Chiến của Nữ Thần Athena với các thế lực bóng tối vì nền hòa bình của nhân loại. Nhân vật chính trong Omega là Đồng Thánh Pegasus Kouga, đệ tử của Kim thánh huyền thoại Seiya trong phiên bản gốc.
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Trong thế giới cõi âm, các thiên sứ chiến đấu cho tương lai và số phận của mình. Nhân vật chính là Yuri, người đứng đầu tổ chức Shinda Sekai Sensen (Chiến tuyến thế giới cõi âm) chống lại thánh thần, những kẻ đã gán cho cô một cuộc sống vô nghĩa. Bên cạnh đó, Tenshi, vị nữ chủ tịch hội học sinh thế giới cõi âm, cũng lãnh đạo các Thiên sứ ngăn chặn cuộc bạo động của tổ chức SSS. Một bên là các thành viên SSS được trang bị vũ khí chiến đấu tối tân, một bên là các Thiên sứ mang trong mình sức mạnh
Câu chuyện bắt đầu từ sự phản bội của Kì Lần - Judas và Phượng Hoàng - Luca, họ đã bị bị Chúa giam giữ ở địa ngục. Sau một ngàn ngày đêm, họ đã trốn thoát với một ý định trả thù Chúa và tạo ra một thế giới địa ngục. Ngay sau đó, những Thần Hộ Mệnh được gửi đến trần gian đã bắt đầu dần biến mất, trên Thiên Đường không ai có thể giải thích điều này. Bốn vị Thánh Thú đã được Nữ Thần kêu gọi, sau đó họ đã đến trần gian và kiểm chứng về những việc đang xảy ra. Khi đến nơi họ đã gặp một Thần Hộ Mệnh