Đây là Serie thứ 4 sau 3 Serie trước là " Magical Girl Lyrical Nanoha " , " Magical Girl Lyrical Nanoha As " và " Magical Girl Lyrical StrikerS " ... Phần 4 này sẽ tập trung vào cô bé Vivio Takamachi trong việc tiếp nối truyền thống cũa 2 Mama là " Fate Testarossa " và " Nanoha Takamachi " , " Không đánh nhau thì không phãi là bạn "
Muốn đạt được thứ gì phải đưa ra một thứ gì khác có giá trị tương đương Đó là quy tắc cơ bản nhất mà mọi nhà giả kim đều ghi nhớ và thấu hiểu. Thế nhưng, Edward Elric và Alphonse Elric đã bỏ qua quy luật ấy, cố gắng dùng thuật giả kim đưa người mẹ đã chết trở về với trần gian. Hậu quả, Ed mất đi chân trái, Al mất toàn bộ cơ thể, vì vậy Ed chịu hi sinh thêm cánh tay phải để trao đổi lấy linh hồn Alphonse và gắn nó vào một bộ áo giáp
Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
"Hãy làm điều người khao khát". Biết bao Anh hùng đã đấu với thế lực "Hủy diệt". để bảo vệ thế giới này. Thế rồi, thời gian trôi đi... Các Anh hùng đã lùi dần vào lịch sử, giờ đây vận mệnh của thế giới phụ thuộc vào cuộc chiến của những thiếu niên, thiếu nữ được mệnh danh là "Người kế tục
Arata, một cậu bé vốn đã mất niềm tin vào người khác bị lạc vào một thế giới kì lạ và bị ghép vào tội ám sát công chúa. Cậu bất ngờ dùng được Hayagami - một loại vũ khí của thần, từ đó cậu bắt đầu một cuộc chiến chống lại 12 Shinsho để phục thù cho công chúa và cứu thế giới khỏi loạn lạc.