Vào thời xa xưa, có một truyền thuyết về những con quỷ ăn thịt người luôn lãng vãng trong cánh rừng sâu. Vì điều này, người dân trong làng không bao giờ đi ra ngoài vào trời tối. Truyền thuyến cũng kể rằng có một Sát Quỷ Nhân luôn xuất hiện vào ban đêm để tiêu diệt những con quỷ khát máu này.
Câu chuyện của manga lấy bối cảnh trong một căn biệt thự kiểu Tây phương nằm trên một vách đá và là trung tâm của gia đình nhà Shadow. Họ sống với những người hầu búp bê giống hệt như thật. Câu chuyện tập trung vào cuộc sống hàng ngày của những con người bên trong ngôi nhà Shadow cùng những bí ẩn sẽ được hé lộ.
Khu đặc sinh là một hòn đảo nhân tạo - Nanaejima, câu chuyện xoay quanh một ma nữ xinh đẹp, lạc quan, nhưng NEET (tức là học viện hàng không, ăn hàng ở không) có cái tên là Nanana Ryūgajō, cô bị giết một cách bí ẩn trong chính căn hộ của mình. 10 năm sau, một cậu bé tên Juugo Yama đã buộc phải chuyển đến một trường trung học trên đảo. Chỉ với một số tiền nhất định để sống, Juugo chọn thuê một căn hộ giá rẻ không may lại là căn hộ của Nanana trước đây. Chính từ đây đã xảy ra nhiều chuyện kì
Nằm ở Tsukishima, Chuo-ku, Tokyo, ngôi đền nổi tiếng "Đền Gaoji" có lịch sử hơn 400 năm. Vị thần mà nó thờ là một yêu tinh ngủ trong nhà được triệu tập đến Nhật Bản từ một thế giới khác vào thời Edo, nhưng giờ chỉ ở lại ngôi đền cả ngày, bị ám ảnh bởi các trò chơi, hoạt hình và nhân vật, đồng thời mắc chứng sợ xã hội.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.