Vào năm 2043, Infinite Dendrogram – game thực tế ảo online thành công đầu tiên trên thế giới – đã được ra mắt. Bên cạnh khả năng mô phỏng 5 giác quan một cách hoàn hảo, cùng với những tính năng đặc sắc, game hứa hẹn sẽ mang lại cho người chơi một thế giới với những khả năng bất tận.
Ngay khi hành tinh này tiến gần đến Thế chiến thứ ba, những cá nhân có siêu năng lực đã xuất hiện từ khắp nơi trên thế giới để duy trì hòa bình. Họ trở thành biểu tượng của quốc gia mình, nỗ lực hạn chế tội phạm và đưa những kẻ ác ra trước công lý.
Murakami Ryouta luôn day dứt về cái chết của cô bạn thời thơ ấu của mình, người mà anh chỉ còn nhớ với biệt danh Kuroneko. Một ngày, một cô gái trông giống hệt người bạn thời thơ ấu chuyển vào lớp của anh với cái tên Kuroha Neko. 2 người họ liệu có phải là 1? Câu chuyện tình đẫm máu và nước mắt bắt đầu.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới hỗn loạn sau "Cuộc Chiến Cuối Cùng" của nhân loại. Một khu rừng vĩ đại, đầy rẫy những sinh vật rực rỡ và những con thú hoang dã khác đã bao phủ cả hành tinh. Do một loại vũ khí đặc biệt được sử dụng trong "Cuộc Chiến Cuối Cùng", cơ thể con người sẽ tự phát nổ ngay cả khi đến gần một ngọn lửa rất nhỏ
Kirito tỉnh dậy trong một khu rừng rộng lớn, hoang sơ đầy những cây cao chót vót. Trong cuộc tìm kiếm manh mối về sự thật xung quanh, anh gặp một cậu bé có vẻ quen biết anh.