Cả nhóm bạn muốn bỏ nhà ra đi vì nhiều lý do. Không tìm được chỗ đi trốn, năm người bạn quay về thời tiền sử, tự lập ra một nơi sống riêng ở thời gian 70 nghìn năm trước. Sự kiện này đã vô tình khai sinh ra đất nước Nhật Bản! Cùng lúc đó, một cậu bé tiền sử lạc qua lỗ đen và đến đúng nơi Nôbita đang sống.
Câu chuyện bắt đầu khi Đôrêmon tạo ra một thế giới ảo: Trái đất thu nhỏ - để giúp Nôbita hoàn thành bài thuyết trình khoa học của mình. Nôbita đã tạo ra một thế giới giống y như thật (có động vật, cây cối, côn trùng). Đến phút chót kế hoạch của Nôbita bị đổ vỡ khi Chaien và Xêkô cùng tham gia bài thuyết trình.
Câu chuyện được bắt đầu với tin một con tàu lạ chìm ngoài khơi vùng biển Bécmuđa. Vào kì nghỉ hè, nhóm bạn Nôbita bàn nhau xem đi lên núi hay xuống biển, Đôrêmon quyết định xuống biển và leo núi cùng một lúc bằng cách... xuống đáy biển. Xêkô, Chaien muốn an toàn còn Xuka không thể đi riêng với Nôbita được nên chỉ có Đôrêmon và Nôbita cùng đi với chiếc xe Baky.
Câu chuyện kể về Kasumi, một cô gái bị nhiễm virus dịch bệnh nguy hiểm cùng với người chị song sinh của mình là Shizuku. Nhưng chính Kasumi chứ không phải Shizuku đã được chọn là một trong số 160 người được đưa vào trạng thái ngủ đông cho tới khi có phương pháp chữa trị chứng bệnh dịch này.
Vào một thời điểm nào đó trong tương lai. Trái đất đứng trước thảm hoạ hệ sinh thái bị diệt vong, tổ chức Eternal Eath đã tạo nên một khu rừng nhân tạo để làm nơi bảo tồn thiên nhiên và các loài động vật hoang dã. Nơi đây đc gọi là Rừng Neo. Ở khu rừng đó, một chú sư tử trắng tên Leo, con của chúa sơn lâm Panja, vô tình gặp Kenichi,con của chủ tịch tập đoàn Eternal Eath. Liệu việc con người nhúng tay vào thay đổi tự nhiên là đúng hay sai. Khu rừng nhân tạo Neo có phải là nơi lý tưởng cho muôn